Naruto (Parte 1)
En la aldea oculta de Konoha, los niños son entrenados desde una edad temprana para convertirse en ninjas. El Hokage, protector y jefe de la aldea, es reconocido como el ninja más poderoso.
Hace doce años, Kyûbi, un demonio con forma de zorro de nueve colas, comenzó la destrucción de la aldea de Konoha, pero el cuarto Hokage neutralizó este demonio sellándolo en el cuerpo de un niño recién nacido: Naruto Uzumaki. El cuarto Hokage se sacrificó así para salvar el pueblo de Konoha.
La historia comienza durante la adolescencia de Naruto, alrededor de los doce años. Huérfano, eterno imbécil y gran bromista, hace todas las estupideces posibles para hacerse notar. Su sueño: convertirse en Hokage para ser reconocido por los habitantes de su pueblo.De hecho, el demonio sellado en él ha despertado el miedo y el desprecio de los demás aldeanos, que, con el tiempo, ya no hacen ninguna diferencia entre Kyûbi y Naruto.
A pesar de esto, Naruto se entrena duro para convertirse en genin, el primer nivel entre los ninjas. Después de varios intentos, finalmente consigue recibir su cinta de pelo de Konoha y el ascenso que conlleva. Luego se le incluye en un equipo de tres aprendices de ninja, junto con Sakura Haruno y el talentoso Sasuke Uchiwa. Poco después, conocen a su jōnin, el que se encargará de su entrenamiento: el misterioso Kakashi Hatake.
Después de algunas misiones, Kakashi considera que los miembros de su equipo están listos para convertirse en chūnin. Este nivel, entre el genin y jōnin, les permitirá cumplir misiones de mayor importancia. Sin embargo, un criminal exiliado del pueblo llamado Orochimaru interrumpe el examen para destruir a Konoha. Su principal arma para esta operación es un joven, Gaara, que, como Naruto, posee un demonio. Naruto, ayudado por sus amigos, logrará derrotarlo, y la aldea se salvará gracias al sacrificio del tercer Hokage.
La organización criminal Akatsuki aprovechará el caos resultante del ataque de Orochimaru para infiltrarse en la aldea, y dos de sus miembros, Itachi Uchiwa y Kisame Hoshigaki, intentarán secuestrar a Naruto. Sasuke, el hermano de Itachi, intenta sin éxito detenerlo. Naruto será rescatado por Jiraya, y a cambio tendrá que ayudarle a encontrar a la única persona que puede ocupar eficazmente el puesto de Hokage: Tsunade. Es doctora, y el tercer miembro del equipo de los tres legendarios ninjas de Konoha que una vez formaron ella, Jiraya y Orochimaru. Este último, que también busca su curación tras su ataque a la aldea oculta de Konoha, se enfrentará de nuevo a sus antiguos camaradas y a Naruto.
En su camino de regreso a la aldea, Naruto se enfrenta a Sasuke, que una vez más se cree inferior, y que luego deja a Konoha para unirse a Orochimaru para ganar la fuerza necesaria para derrotar a Itachi y así vengar la destrucción de su clan. Naruto trata de impedirlo, pero después de su fracaso, también se irá a entrenar con Jiraya.
Naruto Shippuden (Parte 2)
La segunda parte comienza dos años y medio después, Naruto, Sakura y Sasuke han completado su aprendizaje con uno de los tres Sannin, mientras que los Akatsuki empiezan a capturar a los demonios y a sus anfitriones (como Naruto). La siguiente historia, narrada por los nuevos episodios de Naruto Shippūden (la versión animada) se centra en sus enfrentamientos y en la búsqueda de Sasuke para matar a su hermano y la lucha de los Akatsuki contra las fuerzas de Konoha.
La historia comienza con el secuestro de Gaara, ahora un kazekage, a quien el equipo de Gai y el equipo de Kakashi, enviados al rescate por Konoha, logran arrancar las garras de Akatsuki y devolverle la vida con la ayuda de uno de los antepasados de Suna.
Habiendo recogido información sobre Orochimaru durante esta misión, el equipo de Kakashi, completado por Sai, un misterioso miembro impuesto por la raíz, una poderosa sección oculta de la ANBU cuya misión secreta es el asesinato de Sasuke, y por un miembro de la ANBU bajo las órdenes de Tsunade, Yamato, que reemplaza a Kakashi designado como líder, sale en busca de Orochimaru para tratar de evitar la transferencia de almas.
Naruto, enfrentándose a Orochimaru, se transforma en un demonio zorro de 4 colas, obtiene un poder increíble e iguala a los Sannin; Sai elige este momento para traicionar al equipo y comenzar su verdadera misión. Ambas misiones serán frustradas por el poder del «nuevo» Sasuke, pero Naruto, que ha llegado a la guarida de Orochimaru con el resto del equipo, pondrá el corazón de Sai patas arriba. Sai quiere entender la naturaleza de los lazos de amistad que llevan a Naruto a llegar tan lejos por Sasuke.
De vuelta en Konoha, Naruto, deprimido por ser tan débil comparado con Sasuke, comienza un nuevo entrenamiento supervisado por Kakashi y con la intención de hacerle dominar su afinidad con el ninjutsu para añadirlo a Rasengan. Mientras tanto, dos miembros de los Akatsuki, Hidan y Kakuzu, entran en la Tierra de Fuego y masacran a todos los monjes de un templo, causando gran preocupación en la aldea de Konoha. Enviados sobre las huellas de los enemigos, el equipo de Asuma (compuesto por Asuma, Shikamaru y dos jōnins de Konoha) se encontrarán frente a ellos.
Desafortunadamente, sin conocer el poder de los enemigos, Asuma será asesinada y el resto del equipo, a pesar del refuerzo de Chōji, Ino y 2 adicionales Jōnins, sólo deberá su salvación a la partida de los dos enemigos llamados a otra tarea urgente. Shikamaru, que se sintió indefenso ante la muerte de su sensei, entonces lucha contra sus demonios; después de idear una estrategia, se va con el resto del Equipo 10, para vengar a su antiguo maestro. Kakashi se une a ellos en la puerta de Konoha para ayudarles.
Mientras Shikamaru se ocupa de Hidan, el asesino de Asuma, el resto del equipo tiene grandes dificultades para enfrentarse al otro enemigo. Entonces aparece Naruto (acompañado por Sakura, Sai y Yamato) que casi ha terminado de desarrollar su nueva técnica que usará en Kakuzu, llamada Rasen Shuriken (el orbe shuriken). Ganadores, los ninjas de ambos equipos regresan a Konoha, donde, tras el análisis, Tsunade prohíbe la nueva técnica a Naruto, demasiado peligrosa para sus propias células.
Durante este tiempo, Sasuke, considerando que no tiene nada más que aprender de un debilitado Orochimaru que pronto tomará su cuerpo, se deshace de él sin demasiados problemas, gracias a su sello maldito y al Sharingan. Sin embargo, mantiene al prisionero Sannin en su cuerpo. Luego va a los diferentes escondites de Orochimaru para construir un equipo de los sujetos de prueba más poderosos de los Sannin y su guardián que tiene poderes especiales de detección de chakras particularmente interesantes. Con este nuevo equipo, se va para encontrar a su hermano y matarlo. En el camino, se encuentra con Deidara a quien derrotará con gran dificultad, teniendo que sacrificar a Manda para escapar de la explosión que concluye la lucha.
En la aldea de Konoha, Jiraya continúa recogiendo información sobre los Akatsuki, y frente a la emergencia, decide ir a la aldea de Ame para investigar a su jefe. Al llegar al lugar, es detectado por este último que resulta ser uno de sus antiguos alumnos que creía muerto, dueño del peligroso Rinnegan que le permite controlar 6 cuerpos. Después de haber golpeado 3 cuerpos, Jiraya cae, tomado por sorpresa, no sin conseguir transmitir un mensaje a Konoha antes de morir sobre el secreto de Pan. Durante la pelea, revela sus técnicas de Sennin, un estilo de lucha muy poderoso aprendido de los sapos ermitaños.
Llegado al lugar donde Itachi le dio una cita, el resto de su equipo tiene que quedarse con el compañero de Itachi, el tan esperado cara a cara puede comenzar. Poniendo toda su fuerza en la batalla (ilusiones, luego técnicas de fuego, luego técnicas especiales), los dos hermanos entablan una batalla épica hasta el momento en que Orochimaru, aprovechando el cansancio de Sasuke, trata de hacer un regreso y es rápidamente puesto en su lugar por Itachi.
Después de haber librado a Sasuke de Orochimaru, Itachi despierta a Sasuke al mangekyou sharingan y le transmite la técnica de Amatseru. Itachi muere a causa de sus heridas y probablemente de una enfermedad que estaba carcomiendo a un Sasuke casi inconsciente. Cuando recupera la conciencia, Sasuke es revelado la verdad sobre Itachi por la boca de Madara Uchiwa. Itachi era un agente doble, encargado por su clan de espiar a Konoha, mientras le pasaba información sobre el clan Uchiwa. Ante la amenaza de un golpe de estado patrocinado por Uchiwa, Itachi recibió la orden de exterminar su clan. Sasuke, enfadado con los líderes de Konoha, decidió destruir la aldea oculta.
En Konoha, al enterarse de la muerte de su antiguo maestro, Naruto se sume en la tristeza. Ayuda a Shikamaru a descifrar el mensaje dejado por su sensei, luego decide ir con los sapos ermitaños a aprender Senjutsu, las técnicas del Sennin. Mientras tanto, Sasuke, que recibió la orden de Akatsuki de capturar al demonio de 8 colas Hachibi, habiendo recibido la promesa de recuperar el poder de bijūu para su venganza contra Konoha, dejó con su equipo para Kumo la aldea del rayo donde está su anfitrión.
Sin embargo, están abrumados por el poder de su oponente Killerbee Hachibi. Usando la técnica de Amaterasu, Sasuke eventualmente lo derrota, así que lo traen de vuelta al Akatsuki, pero resulta que fueron engañados por una técnica de transformación y trajeron de vuelta un simple tentáculo del monstruo.
Mientras tanto, los 6 cuerpos de Pan se dispusieron a atacar a Konoha para buscar a Naruto. Después de causar enormes daños mientras buscaba información sobre Naruto, Pain, dotado de un poder extraordinario, acaba destruyendo a Konoha con una técnica violenta provocando una explosión (¿una referencia a la bomba atómica?). Aquí es cuando Naruto regresa.
Después de una notable lucha donde Naruto expone todas sus nuevas habilidades adquiridas, parece ser derrotado por el más poderoso cuerpo de Pan que no logró destruir. Luego viene Hinata que es gravemente herido cuando intenta intervenir, sometido a una violenta emoción, Naruto libera casi todo el poder del demonio zorro hasta que casi rompe el sello del 4º Hokage. Es entonces cuando este sello aparece en la mente de Naruto y anuncia que es su padre y parece impedir la liberación de Kyuubi. Una vez que el sello es reparado, Naruto recupera el control de sí mismo y del modo Sennin.
Completa con maestría el cuerpo de Pan restante y va al escondite de Nagato que controla a Pan. Este último, tras un intento fallido de obstaculizarlo de nuevo, le cuenta cómo se convirtió en Pan… Tras esta discusión, Naruto responde a las preguntas que le hace Nagato y consigue transmitir su optimismo y su visión de un mundo ninja mejor. Nagato, muy debilitado, devuelve a la vida al pueblo de Konoha que fue asesinado antes de morir de agotamiento. Konan recupera su cuerpo así como el de Yahiko y se va con la esperanza de que las esperanzas de sus amigos se hayan transmitido a Naruto. También especifica que amekagure estará del lado de Naruto.
Sasuke reaparece y planea ir a Konoha para tomar su venganza, comienza una nueva reverencia… Tsunami habiendo usado demasiado chakra para curar a los habitantes cayó en coma. Kakashi es propuesto como Rokudaime Hokage por Shikaku, el padre de Shikamaru. Muchos están de acuerdo, pero Danzou discute con el señor del fuego, le dice que es por la política de los Sandaime que todos estos eventos ocurrieron en Konoha… Entonces, el Señor del Fuego elige a Danzo como Rokudaime. Su primera acción fue responder a la carta del raikage. Su decisión fue que Sasuke Uchiwa podría ser ejecutado como nunkenin (ninja desertor).
Se organiza una reunión de los cinco kages para responder a la amenaza de los Akatsuki. Participan los KazeKage (Gaara), los TsuchiKage, los HoKage (Danzo), los MizuKage y los Raikage. La llegada de Sasuke a las inmediaciones de la reunión pone a todos en pie de guerra y el Raikage, acompañado de sus dos guardaespaldas, se apresura a interceptar a Sasuke.
Mientras tanto, Madara Uchiwa, que tiene la asombrosa habilidad de desmaterializarse, aparece al lado de Naruto para hablarle de Sasuke.